2021年12月14日17時32分から16日12時45分にかけて、京都大学のスーパーコンピュータシステムの大容量ストレージ(/LARGE0)で、保存されていたファイルが意図せず削除される事故が起きた。原因は、システムの納入会社である日本ヒューレット・パッカード合同会社が開発・保守するバックアッププログラムの機能改修で、不要になった過去のバックアップログファイルを削除する処理のはずが、/LARGE0ディレクトリ配下のファイル群を削除する処理として誤って動かしたことだった。影響を受けた利用者からの問い合わせをきっかけに発覚し、削除処理をその場で停止した。大学は16日に障害情報として公表し、21日には対象グループの申請者へ個別にメールで連絡した。
消失したファイルは約77TB、約3400万ファイルにのぼり、影響を受けたグループは14、うち4グループはバックアップによる復元ができなかった。12月28日には学術情報メディアセンター長名で正式な原因と影響範囲を公表し、委託先から提出された報告書も掲載した。その後の追記で、復元できないファイルの実質的な容量は約8TB、約350万ファイルで、影響を受けた利用者は68名(うち学外21名)、復元不可のグループの利用者は10名(うち学外4名)だったと示された。外部への情報流出など他の問題は確認されていない。