2021年5月6日、富士通はプロジェクト運営のために社内外の関係者と情報を共有する「ProjectWEB」を利用する一部プロジェクトで不正アクセスの可能性を認知し、調査を始めた。調査の結果、第三者がProjectWEBに存在した複数の脆弱性のいずれかを悪用して正規の利用者のIDとパスワードを窃取し、正常な認証・通信に見える形で外部からログインしていたことが分かった。5月25日、富士通はこれを公表し、更なる被害を防ぐためProjectWEBの運用を止めた。
翌26日には国土交通省が、委託先の富士通からシステム関係情報の流出の報告を受けたと公表し、職員や省外関係者のメールアドレスなど約7.6万件が含まれていたことを明らかにした。富士通の調査はその後も続き、8月には129、2022年3月には142の顧客企業・団体でシステム構成情報やプロジェクト資料、顧客・関係者の氏名やメールアドレスなどの個人情報が不正に閲覧またはダウンロードされたことを確認した。
富士通は外部有識者による検証委員会を設置し、2021年10月に専任のCISOを任命、12月にはProjectWEBの利用終了と多要素認証を備えた新ツールへの移行を決めた。2022年4月、検証委員会の報告書に基づく原因分析と再発防止策を公表した。